Det bedste af dansk møbelkunst tilbydes diskret og i et sikkert udvalg på Schæffergården: Kaare Klint, Ole Wanscher, Grete Jalk, Palle Suenson, Poul Kjærholm, Børge Mogensens, Hans J. Wegner,  Arne Jacobsen, Mogens Koch. 

Da Kaare Klint i 1920 forestod restaureringen af den gamle Schæffergård og rensede den for skiftende tiders mere eller mindre heldige tilføjelser, ønskede han, at man på husets facader skulle kunne aflæse dets rumopdeling. En renfærdig tanke, inspireret af den tids begyndende funktionalisme. Facadernes opdeling blev ført tilbage til deres oprindelige udseende, og alt blev visuelt fastholdt under det restaurerede store helvalmede tegltag. Husets æstetiske intentioner blev genskabt, nu i samtidens ånd, kultiveret og nænsomt fortolket af Kaare Klint. Ombygningen blev bekostelig, den strakte sig over to år, og der blev ikke råd til, at Kaare Klint også skulle tage sig af møbleringen. Det blev der siden rådet bod på, da Fondet for Dansk-Norsk Samarbejde blev ejer af ejendommen. 

I 1924 gennemførtes en undervisningsreform på arkitektskolen på Kunstakademiet. Fra en mere kunstnerisk og følelsesbetonet lærervejledning, blev undervisningen mere teknisk orienteret. En møbelskole blev grundlagt af Kaare Klint, og han fik således afgørende betydning for udviklingen af en dansk møbelkunst. Funktionalistiske krav til møbler blev under hans vejledning grundigt defineret og afspejledes i møblernes udformning.

Kaare Klints buffet med skydedøre fra 1930 i mahogni blev et mønsterstykke. Proportionerne er æstetiske, men i lige så høj grad funktionelt betingede. Forud for udformningen lå en række opmålinger af alt bestik, service og linned til en almindelig husholdning, og disse blev bestemmende for udformningen. Det er naturligt, at et eksemplar af denne historiske møbeltype findes i Kunstindustrimuseet, men denne buffet står også på Schæffergården.

Samme funktionalisme er forudsætningen for en række stoletyper, som er blevet klassikere i dansk møbelkunst. Mange af disse er repræsenteret på Schæffergården. Faaborgstolen fra 1914 blev til i et samarbejde med Faaborg Museums arkitekt Carl Petersen, den er ganske let og dengang beregnet på, at museumsgæsten selv skulle flytte den hen foran netop det maleri, gæsten ønskede at studere nøjere. Stolens sæde og kopstykke er vandrette, så de ikke bryder forstyrrende ind i rummets arkitektur. Rørflet i sæde og ryg gør den let at bære. I dag, hvor de historiske stole er blevet kunstgenstande i sig selv, må man på Faaborg Museum ikke længere sidde i dem, det må man gerne i Schæffergårdens eksemplarer, som er nyere præcise gentagelser af den oprindelige stol. Til Kunstindustrimuseets foredragssal tegnede han i 1927 en stol i cubamahogni med læder på sæde og ryg. Denne stol var skabt i tidens stramme stil, men inspireret af de engelske Chippendalestole fra midten af sidste århundrede. Engelsk møbelkunst inspirerede ham også til udformningen af en let lænestol med løse dunhynder. Stellet er cubamahogni, og der er rørflet i ryg, sæde og sider. Begge stoletyper er at finde på Schæffergården.

De forskellige stoletyper er samlet i grupper omkring flere af Kaare Klints dybe sofaer med fast polstring og betræk vævet af Gerda Henning, her med en inspiration fra græske almuestoffer. Hanne Vedel har siden vævet tilsvarende betræk og har tillige skabt mange af de tekstiler, der findes i spisesal og værelser. Væveren Vibeke Klint har udformet de enkle gulvtæpper og løbere i natur og hvide farver, og til værelserne i Wohlerts fløj, som nyindrettes i jubilæumsåret, har hun vævet sengetæpperne.

Da Fondet for Dansk-Norsk Samarbejde erhvervede Schæffergården i 1949, blev Palle Suenson bedt om at indrette huset til norske og danske stipendiater og til andre gæster. Ved den gennemgribende renovering af det gamle hovedhus i 1986-87 fortsattes Suensons møbleringsidéer af Grete Jalk, som fortsat sørgede for, at tidens danske møbelkunst fik den bedst mulige repræsentation med afsæt i den klassisk inspirerede smag, som kendetegner Kaare Klint og hans efterkommere.

Diderich Schæffers flotte festsal fik sit oprindelige udseende tilbage ved renoveringen, og Grete Jalk møblerede den med stole og borde tegnet af Ole Wanscher. Han blev Kaare Klints kunstneriske arvtager og overtog også hans lærestol på Kunstakademiets møbelskole i 1955. Fra denne tid stammer Schæffergårdens palisanderspisestole, og til Schæffergården tegnede han senere de tilhørende søjleborde. Fra 1945 stammer det lille, elegante dameskrivebord med jalousi og skindplade, og ved renoveringen i 1987 erhvervedes en tilhørende palisanderstol fra 1956 med de to tætstillede bagben.

Dansk møbelkunst fra Kaare Klint til Poul Kjærholm repræsenterer en særdeles frugtbar helhed. Klint, Wanscher og Kjærholm beklædte i rækkefølge det samme embede på Kunstakademiets møbelskole. Poul Kjærholm var som sine forgængere en eminent fortolker af sin samtid. Den håndværksmæssige disciplin blev kompromisløst bestemmende for udformningen af en række møbler, som blev tidløse. Strenge krav til materialerne og til deres bearbejdning gør hans møbler meget eksklusive. Men selv om materialerne oftest er nogle andre end hos Klint, er de to arkitekters møbler alligevel præget af den samme klassiske æstetik. Aldrig prangende i størrelsen eller udtrykket, men underlagt menneskers mål og arkitekturens dimensioner. På Schæffergården står deres arbejder side om side som diskrete, kultiverede tilbud om siddepladser til husets gæster. Kjærholms trebenede, matforkromede armstol fra 1957 er med sit vandrette sæde og kopstykke en moderne fortolkning af Kaare Klints Faaborgstol. I sin tids materialer har Kjærholm skabt en stol, som er præget af en tilsvarende klassisk stramhed, underlagt de lodrette og vandrette linier. Kjærholms spisestuestole fra 1960 er opstillet i den nyeste tilbygning, vandregangen, hvor også hans sofaer ses fastskruede i væggene. Spisestuestolen tegnede Kjærholm oprindelig til sin egen spisestue, og den er skabt af glasfiberskal- ler, her betrukket med naturfarvet læder, og stellet består af tre forkromede fjederstålsbøjler.

Møbler tegnet stramt efter brugsbehovet kendetegner Børge Mogensens arbejder. Til FDB tegnede han en serie epokegørende møbler, hvor brugen og udformningen af boligen blev afgørende for møblernes formgiv- ning. Selvfølgeligt formede, ukunstlede stole og opbevaringsmøbler af høj håndværksmæssig kvalitet blev skabt til FDBs kunder. Tilsvarende møbler er også at finde på Schæffergården. Børge Mogensen og Hans J. Wegner blev født samme år, og begge arkitekter havde meget præcise intentioner med deres arbejde som møbelkunstnere. For Wegner var det altafgørende at skabe en ideel møbeltype, en stol, som kunne tilfredsstille de optimale krav om siddeegenskaber og håndværksmæssig kvalitet. I begyndelsen af 1940'erne blev den stol til, som siden simpelthen er blevet kaldt «Stolen». Også den findes på Schæffergården. Den store spisesal i Vilhelm Wohlerts tilbygning fra 1972 er møbleret med en variant af denne stol, en let stol med lædersæde af høj kvalitetsmæssig udførelse.

I Hans Henrik Olriks tilbygning fra 1987 er Arne Jacobsens stabelstol benyttet i den store aula og i de tilstødende konferencerum. En industrielt fremstillet brugsstol, som allerede er blevet en klassiker. Værelserne i denne afdeling er forsynet med møbler af Wegner, mens der i værelserne i Wohlerts tilbygning er opstillet både hans og Mogens Kochs stole og borde.

Den linie, Kaare Klint gav inspirationen til, og som Palle Suenson gav form, er fortsat i løbet af fondets over 60-årige historie.